Opis jego męczeństwa pochodzi dopiero z VIII w. i trudno ręczyć za szczegóły. Nie jest to jednak czysta legenda, odzwierciedla bowiem silne tradycje lokalne, których część spisano w martyrologium z V w. Podanie to przedstawia szczegóły jego śmierci w sposób następujący: gdy edykty cesarza Dioklecjana o prześladowaniu chrześcijan dotarły do Noricum, prefekt Akwilin zaczął je dokładnie realizować. Do zagrożonych w Lorch wyznawców Chrystusa przybył nie kryjący się ze swą wiarą Florian, aby ich pokrzepić. Niebawem został więc aresztowany przez żołnierzy prefekta. Zatrzymany oświadczył, że jest chrześcijaninem i mimo nakłaniania przez Akwilina nie zgodził się złożyć ofiary bogom Rzymu. Nie pomogło bicie kijami, ani inne tortury. Zmaltretowanego wyznawcę strącono z mostu do rzeki Anizy (dzisiaj Enns). Ciało zostało pochowane w pobliżu miejsca śmierci przez wdowę Walerię.

     Nie ma także dokładnych wiadomości, co działo się z relikwiami świętego Męczennika. Tradycja głosi, że ciało zostało złożone do grobu w miejscu, gdzie dziś wznosi się kościół, klasztor i miasteczko Sankt Florian wywodzące swą nazwę od Jego imienia. Następnym miejscem spoczynku świętych relikwii było miasto Rzym, gdzie znalazły się one wśród sławnych męczenników: św. Szczepana i św. Wawrzyńca.

     Historię sprowadzenia relikwii św. Floriana do Polski, opisuje w swojej kronice, pod rokiem 1184, Jan Długosz: "Papież Lucjusz III chcąc się przychylić do ciągłych próśb monarchy polskiego Kazimierza, postanawia dać rzeczonemu księciu i katedrze krakowskiej ciało niezwykłego męczennika św. Floriana. Na większą cześć zarówno świętego jak i Polaków, posłał kości świętego ciała księciu polskiemu Kazimierzowi i katedrze krakowskiej przez biskupa Modeny Idziego. Ten, przybywszy ze świętymi szczątkami do Krakowa dwudziestego siódmego października, został przyjęty z wielkimi honorami, wśród oznak powszechnej radości i wesela przez księcia Kazimierza, biskupa krakowskiego Gedeona, wszystkie bez wyjątku stany i klasztory, które wyszły naprzeciw niego siedem mil. Wszyscy cieszyli się, że Polakom, za zmiłowaniem Bożym, przybył nowy orędownik i opiekun i że katedra krakowska nabrała nowego blasku przez złożenie w niej ciała sławnego męczennika. Tam też złożono wniesione w tłumnej procesji ludu rzeczone ciało, a przez ten zaszczytny depozyt rozeszła się daleko i szeroko jego chwała. Na cześć św. Męczennika biskup krakowski Gedeon zbudował poza murami Krakowa, z wielkim nakładem kosztów, kościół kunsztownej roboty, który dzięki łaskawości Bożej przetrwał dotąd. Biskupa zaś Modeny, Idziego, obdarowanego hojnie przez księcia Kazimierza i biskupa krakowskiego Gedeona, odprawiono do Rzymu. Od tego czasu zacząli Polacy, zarówno rycerze, jak mieszczanie i wieśniacy, na cześć i pamiątkę św. Floriana nadawać na chrzcie to imię".

     Od czasu sprowadzenia relikwii św. Floriana do Krakowa kult jego rozszerza się bardzo szybko. Głównym ogniskiem kultu jest miejsce pogrzebania jego zwłok - wspomniane wcześniej wzgórze nad rzeką Enns, niedaleko od Lorch w Austrii, gdzie stoi do dziś barokowe opactwo Sankt Florian.

     W Krakowie głównym miejscem czci św. Floriana była wpierw katedra wawelska, gdzie na środku umieszczono w ołtarzu ciało Świętego Męczennika. Po kanonizacji rodzimego świętego, tzn. św. Stanisława, w 1253 r., o Florianie pamiętano najbardziej na Kleparzu. Tu bowiem, od początku, w kolegiacie pod jego wezwaniem, od ośmiu wieków kwitnie nieprzerwanie kult sławnego Męczennika i zarazem Patrona. Kolegiata cieszy się posiadaniem relikwii św. Floriana.

     W 1436 r. św. Florian został zaliczony, wraz ze świętymi: Wojciechem, Stanisławem i Wacławem, do głównych patronów Polski. Otrzymał też honorowe miejsce w pieśni pełniącej rolę hymnu narodowego. Jedna z dopisanych ku czci świętych zwrotek Bogurodzicy brzmi:

     Do wzrostu popularności patrona w XV w. przyczyniły się liczne kazania, pieśni, wierszowane przeróbki legendy oraz okazała procesja, która aż do XX w. udawała się co roku, w dniu 4 maja, z Wawelu do kolegiaty na Kleparzu.      Ojciec św. Jan Paweł II w liście apostolskim przesłanym z okazji 800-lecia parafii św. Floriana na Kleparzu w roku 1984, jako dawny wikariusz świętofloriański, tak pisze na temat kultu św. Męczennika:

     "Kościół w Polsce, zanim wydał własnego Świętego i Męczennika, Biskupa krakowskiego Stanisława i uzyskał w nim swojego Patrona, opierał się niejako i rósł na dojrzałych owocach świętości Kościoła Powszechnego, na świętych, których wydały inne narody. Oni byli wówczas dla naszego Kościoła drogowskazami i przewodnikami na drodze do świętości, która wnet zacząła przynosić plon na rodzimym gruncie.

     Święty Florian stał się dla nas wymownym znakiem tej powszechności i stał się znakiem szczególnej więzi Kościoła i Narodu polskiego z Namiestnikiem Chrystusa i ze Stolicą chrześcijaństwa... Święty zaś, wzywany jako opiekun Królestwa Polskiego, stał się Patronem Miasta i Ojczyzny. Ten, który poniósł męczeństwo, gdy spieszył ze swoim świadectwem wiary, z pomocą i pociechą prześladowanym chrześcijanom w Lauriacum, stał się zwycięzcą i obrońcą w wielorakich niebezpieczeństwach, jakie zagrażają materialnemu i duchowemu dobru człowieka.

     Trzeba także podkreślić, że Święty Florian jest od wieków czczony w Polsce i poza nią jako Patron strażaków, a więc tych, którzy wierni przykazaniu miłości i chrześcijańskiej tradycji, niosą pomoc bliźniemu w obliczu zagrożenia klęskami żywiołowymi".

     Szczególną czcią otoczyli świętego Męczennika ludzie trudnych i niebezpiecznych zawodów, a więc strażacy, kominiarze i hutnicy. Wzywają jego przemożnego wstawiennictwa ludzie zagrożeni wojną, pożarem, powodzią, a dziś także ludzie zagrożeni skażeniem środowiska naturalnego.

     W kościele św. Floriana w Krakowie na Kleparzu, od najdawniejszych czasów, w każdy poniedziałek, przy relikwiach Świętego, odmawiane są modlitwy.