Centralną część parku zajmuje jeden z największych i najgłębszych zbiorników w Polsce - jezioro Wigry. Ma ono bardzo dobrze rozwiniętą linię brzegową i urozmaiconą rzeźbę dna. Poza tym posiada liczne zatoczki i wyspy, z których największe to Ostrów i Ordów. Na terenie parku jest jeszcze ponad 40 mniejszych jezior oraz kilka malowniczych rzek. Najbardziej znaną jest Czarna Hańcza, która kończy górny bieg w jeziorze Wigry, uchodząc do Zatoki Hańczańskiej. Nazwę zawdzięcza barwie dna, które na dużych odcinkach przyjmuje niemal czarny kolor.

Na terenie parku opisano ponad 1300 ga tunków roślin, wśród których jest wiele ga tunków rzadkich, występujących w unikatowych zbiorowiskach roślinnych. Około 130 z nich znajduje się na liście gatunków chronionych. Można tu wymienić takie osobliwości jak: orlik pospolity, dziewięćsił bezłodygowy, zimoziól północny, grzybienie - białe i północne, pełnik europejski, fiołek torfowy, wełnianka delikatna i duża grupa storczyków. Wiele chronionych gatunków występuje tutaj obficie, np. wawrzynek wilczełyko, lilia złotogłów i kukułka krwista.

Bogactwo i różnorodność wód (jezior, oczek wodnych, rzek) sprzyja bogactwu fauny związanej z tym środowiskiem. Park jest dogodnym miejscem bytowania wielu gatunków ryb. Tylko w jeziorze Wigry rozpoznano 26 gatunków, w tym: sielawę, sieję i troć jeziorową, a także stynkę i miętusa. Bogaty jest też świat płazów, do których zaliczają się: traszki, kumaki, ropuchy, żaby oraz rzekotka drzewna, która z dużą łatwością wspina się po gałęziach drzew. Najliczniejszą grupą kręgowców parku są ptaki reprezentowane przez około 210 gatunków, wśród których warto wymienić: bielika, kanię czarną i orlika krzykliwego, sowę uszatkę. W przybrzeżnych szuwarach jezior spotyka się: bąka, trzcinniczka, wodniczkę, kokoszkę, a na śródleśnych oczkach wodnych kaczki: gągoła, krzyżówkę, czernicę, cyrankę, ogorzałkę, hełmiatkę. Wielkim bogactwem ptactwa wyróżniają się ekosystemy leśne parku.

Ponadto na terenie parku występuje około 50 gatunków ssaków, w tym wilk, ryś, wydra, 10 gatunków nietoperzy, jeleniowate i kilka gatunków gryzoni; największym z nich jest bóbr europejski, który jest herbowym zwierzęciem Wigierskiego Parku Narodowego. Żyje w środowisku wodnym i uchodzi za znakomitego inżyniera regulującego warunki wodne w środowisku naturalnym.

Na terenie parku wytyczono szlaki lądowe o długości około 250 km: piesze, rowerowe oraz ścieżki edukacyjne. Trasy te umożliwiają m.in. poznanie urozmaiconych krajobrazów parku i podziwianie starych drzewostanów, a także obiektów kulturowych i pozostałości drewnianego budownictwa z tych terenów. Panoramę okolicy można oglądać z kilku specjalnych platform i wież widokowych. Najbardziej znane są jednak szlaki kajakowe, prowadzące przez jezioro Wigry, Czarną Hańczę i Kanał Augustowski. Ponadto warto odwiedzić Muzeum Jana Pawła II w klasztorze Kamedułów w Wigrach, Muzeum Wigier w Starym Folwarku oraz wystawy etnograficzną i przyrodniczą w siedzibie dyrekcji parku w Krzywem.