W 47. roku życia, 12 lutego 1049 r. został papieżem. Zapoczątkował reformy, które miały unieuzależnić Kościół od władzy cesarzy niemieckich. Usilnie zwalczał symonię, a zwołany przez niego Synod zaostrzył kary nakładane na duchownych niezachowujących celibatu. Zreformował Kurię Rzymską. Utorował drogę reformie gregoriańskiej. Jako papież uczestniczył w 12 synodach w Italii, Francji i Niemczech. Obawiając się Normanów, z częścią wojsk niemieckich i italskich wyruszył przeciwko nim, dowodząc osobiście wojskami. Przegrał bitwę pod Civitate i dostał się do niewoli w Benewencie. Po kilku miesiącach ciężko schorowany powrócił do Wiecznego Miasta, gdzie wkrótce zmarł. Jest patronem kilku miast niemieckich i francuskich, a także wspomnianego Benewentu.