W miejscu, gdzie znajduje się obecnie klasztor dawniej stał zamek, który był rodowym gniazdem potężnych niemieckich rodów hrabiowskich Andechs oraz Dieen. To właśnie ich pamięci poświęcona została kaplica zamkowa św. Mikołaja, która ze względu na zgromadzone w niej kosztowne święte relikwie już od XII wieku była celem licznych pielgrzymek. Niezaprzeczalnie najcenniejszymi relikwiami tego miejsca są korona cierniowa Chrystusa, tzw. krzyż zwycięstwa Karola Wielkiego oraz stuła Jana Ewangelisty.

Centrum świętego skarbu w Andechs stanowiły do połowy XIII wieku Święte Trzy Hostie, z których dwie były ponoć darem papieża Grzegorza I Wielkiego, a trzecia papieża Leona IX. Jak głosi legenda związana z Trzema Hostiami, na pierwszej z nich miał być umieszczony zakrwawiony krzyż, na drugiej zakrwawiona część palca, zaś na trzeciej krwią napisane imię Jezusa.

W 1246 roku uległ zniszczeniu zamek i w tymże samym roku zaginęły relikwie. W 1248 roku wygasła linia hrabiów z Andechs - Meranien.

Od 1416 roku w Andechs działali augustianie z Dieen. Pod ich nadzorem w latach 1420-1420 zbudowano istniejącą do dziś świątynię w układzie halowym.

Od 1455 roku do Andechs przybyli z Tegernsee benedyktyni, którzy od tej pory przejęli opiekę nad sanktuarium i przybywającymi do niego pielgrzymami.

W 1472 roku została uroczyście poświęcona Święta Kaplica, którą w 1518 roku przedłużono i dobudowano sklepienie sieciowe.

W 1669 roku w świątyni wybuchł ogromny pożar, który dzięki mocnej żelaznej bramie umocowanej w Świętej Kaplicy nie uszkodził cennych relikwii. Na przełomie 1675 i 1676 roku Max Schinnagl dokonał przebudowy zniszczonej świątyni. Za czasów panowania opata Bernarda Schutza z Wessebrun kościół otrzymał wspaniały rokokowy wystrój. Jan B. Zimmerman jest autorem większości malowideł znajdujących się w świątyni. Przedstawił on między innymi za pomocą obrazów cudowne działanie tego miejsca. Śzczególnie treści te odwołują się do cudownego obrazu Maryi na tronie z Dzieciątkiem z roku 1450, który znajduje się w ołtarzu głównym.

Warto wiedzieć!

W 1392 roku po raz pierwszy obchodzono Rok Święty poza Rzymem i wówczas Trzy Święte Hostie zostały wystawione do publicznej adoracji. Dzięki zebranym ofiarom założono klasztor w Andechs.

Do sanktuarium w Andechs przybywają nieustannie rzesze pielgrzymów o czym świadczą liczne wota i tradycyjne w tym miejscu ogromne świece.