W lutym 1932 roku gwałtowne wichry, jakie szalały na całym Pomorzu nie oszczędziły również poklasztornych zabudowań pel- plińskich. Załamała się górna część wieży w 183 lata po jej wybudowaniu. Wtedy właśnie w kuli wieżowej umieszczonej pod krzyżem i chorągiewką odkryto wąską czworoboczną puszkę, wykonaną z grubej oksydowanej blachy miedzianej. Szkatułka kryła w sobie wspomniany powyżej dokument pergaminowy, 4 pudełeczka z relikwiami, 6 małych mosiężnych krzyżyków i inne drobne przedmioty, które strzec miały wieżę od pożarów, burz i podobnych nieszczęść. Wśród nich znajdował się owinięty watą odłamek agnuska (od Agnus Dei). Agnusek był to medalion z wosku z wizerunkiem baranka z chorągiewką. Przywilej wyrabiania go posiadali tylko cystersi. Agnuski poświęcał sam papież w wielkim tygodniu. Do Polski zwyczaj ten przyszedł za czasów króla Zygmunta III. Znano go we wszystkich dworach magnackich i domach szlacheckich. Chronić miał domostwa od pożarów i burz, pisał o tym ks. infułat dr Antoni Liedtke w "Orędowniku Diecezji Chełmińskiej" z 1932 roku.

Uszkodzona wieża została odbudowana w ciągu jednego miesiąca przez mistrza ciesielskiego Franciszka Kamińskiego.

Na odnowionej wieży pod starym krzyżem i chorągiewką umieszczono także starą kulę, do której włożono z powrotem wszystkie znalezione rzeczy z wyjątkiem dawnego pergaminu, który zastąpiono nowym. Autorem jego był biskup Stanisław Wojciech Okoniewski. Na jego zawartość treściową złożyła się krótka historia wydarzeń, jakie dokonały się od 1749 do 1932 roku, oraz sakramentalny zapis, że dokonało się to, gdy papieżem był Pius XI, prezydentem Rzeczypospolitej Polskiej Ignacy Mościcki, biskupem chełmińskim Stanisław Wojciech Okoniewski i wojewodą pomorskim Stefan Kirtiklis.

Odbudowana wieża spłonęła z przyczyn nie wyjaśnionych w nocy z 7 na 8 stycznia 1947 roku. Ogień zniszczył cały dach budynku łączącego tzw. "Olimp" z budynkami Collegium Marianum i 24 nie umeblowane jeszcze pokoje kleryckie. Bezpowrotnie spłonęło około 2000 tomów biblioteki seminaryjnej. Biskup chełmiński Kazimierz Józef Kowalski natychmiast przystąpił do odbudowy dokonanych zniszczeń. W tym celu 18 stycznia 1947 roku powołał do życia Komitet Diecezjalny, w skład którego weszli: ks. prepozyt Kozłowski, ks. prałat Sawicki, ks. prałat Jank, ks. rektor Grochocki, ks. wicerektor Liedtke, ks. radca Młyński i ks. dziekan Komkowski.

W ciągu kilku miesięcy zaleczono rany spowodowane pożarem, jednak wieży nie odbudowano; zniknęła na 52 lata z panoramy pocysterskiego zespołu klasztornego. Dobrze się stało, że w planach biskupa diecezjalnego Jana Bernarda Szlagi kompleksowa renowacja bazyliki katedralnej oraz odbudowa Collegium Marianum zostanie dopełniona odbudową spalonej wieży. Projekt koncepcyjny i architektoniczny wykonali architekci z Gdańska - dr inż. arch. Marek Gawdzik i mgr inż. arch. Anita Gawdzik; a obliczenia konstrukcyjne - mgr inż. Marek i mgr inż. Romana Stachura z Gdyni.

W październiku obecnego roku minie 250 lat od jej pierwotnego zbudowania przez cystersów. Byłby to stosowny czas i miesiąc na odbudowę i poświęcenie wieży zegarowej. Niech odmierza czas nowego tysiąclecia!