Jordan płynie środkiem tzw. Doliny Jordanu, która jest tylko częścią długiej rozpadliny tektonicznej, jedynego tego rodzaju zjawiska na świecie na całej kuli ziemskiej. Rów ten powstały we wczesnych okresach geologicznych o długości 800 km ciągnie się od gór Taurusu w Azji Mniejszej, poprzez Celesyrię i łożysko Jordanu aż do zatoki Akaba - odnogi Morza Czerwonego. Dolina ta tworzyła dawniej olbrzymie jezioro, którego pozostałością są; Meron, jezioro Genezaret i Morze Martwe (por. ks. prof. E. Zawiszewski, Instytucje Biblijne). Podczas, gdy powyżej Dan (Tel al-Qadi) dno Jordanu leży około 550 m.n.p.m.,16 km dalej na wysokości Jeziora Galilejskiego jest już 257 m poniżej poziomu Morza Śródziemnego, u ujścia do Morza Martwego 404, a w środku Morza Martwego aż 793 m poniżej Morza Śródziemnego; na ostatnim zaś odcinku, aż do Morza Czerwonego, podnosi się znowu niemal na całej długości ponad poziom morza. Odcinek doliny od Jeziora Genezaret do Morza Martwego nazywa się El-Ghor (szerokość jego od 2 do 25 km); od Morza Martwego do Morza Czerwonego nosi nazwę EI-Arabba (szerokość od 9 do 20 km).

Brzegi rzeki z jednej strony wiją się wśród skał Gór Hermonu, dalej porasta je bujna roślinność, która niekiedy zamienia się w tropikalną puszczę, a w okolicach El-Ghor z kolei otacza je jałowa pustynia, która nie nadaje się do uprawy roli. Łączność poprzez rzekę możliwa jest dzięki kilku mostom, ale przede wszystkim, co było jedynym połączeniem komunikacyjnym w czasach Starego i Nowego Testamentu, znajduje się tam około 60 brodów.

W czasch obfitości Jordan wlewał codziennie do Morza Martwego ok. 6 500 tys. ton wody, którą przyjmował od swoich dopływów, takich jak: Wadi Fara, Wadi el-Kelt, Jarmuk i Jabbok (por. ks. E. Zawiszewski). Dzisiaj wody tej do Morza Martwego dociera niewiele, na skutek melioracji oraz nawadnianiu terenów uprawnych Izraela i Jordanii przy pomocy skąplikowanej ilości kanałów i wodociągów, które doprowadzają wodę wprost z Jordanu do korzeni drzew owocowych (bananowców, drzew cytrusowych i palm), a także warzyw, które pustynie zamieniają niespodziewanie w ogrody, warzywniki i sady, zachwycające swym pięknem i soczystą zielenią w środku rozgrzanej pustyni. Skutkiem tej gospodarki jest nagłe wysychanie Morza Martwego, nad którym panują ogromne temperatury powiększające parowanie. Dzisiejsi gospodarze Palestyny zastanawiają się nawet nad budową kanału dostarczającego wodę z Morza Śródziemnego, by uzupełnić brak wody, co zagraża z kolei wydobyciu soli i licznie powstałym uzdrowiskom solankowym nad brzegami Morza Martwego.

Jordan był świadkiem wielu wydarzeń w historii biblijnej.

To właśnie nad Jordanem św. Jan Chrzciciel odziany w sierść wielbłądzią i żywiący się szarańczą oraz miodem leśnym nauczał i udzielał chrztu. "Wtedy przyszedł Jezus z Galilei nad Jordan do Jana, żeby przyjąć chrzest od niego" (Mt 3,13). Miejsce, w którym św. Jan udzielił chrztu Panu Jezusowi znajduje się 8 km na wschód od Jerycha. Dzisiaj dostępne, ze względu na konflikt bliskowschodni między Izraelem a Palestyną jedynie jeden raz w roku w dzień Chrztu Pańskiego dla niewielkiej garstki pielgrzymów. Pozostali tłumnie udają się do miejsca, gdzie Jordan porzuca gościnne wody Jeziora Genezaret i podąża w kierunku swojej "śmierci" w Morzu Martwym. Wielu chrześcijan, począwszy od pierwszych wieków, przybywało nad Jordan, aby tutaj otrzymać chrzest. Dzięki Bożej interwencji wody rzeki rozstąpiły się, by Izraelici pod wodzą Jozuego mogli przejść na drugi brzeg (Joz 3,14- 17). Znad Jordanu Eliasz został wzięty do nieba (2 Kr1 2,11). Naaman po zanurzeniu się w wodzie dostąpił uleczenia z trądu (2Kr 1 5, 10-14).