Pallotyni pojawili się na Krzeptówkach z zamiarem otwarcia domu wypoczynkowego szczególnie dla misjonarzy. Wznieśli go wraz z kaplicą pw. Niepokalanego Serca NMP na niewielkim wzniesieniu i przy drodze do Doliny Kościeliskiej, u podnoża Giewontu. Wyraźny zwrot w historii domu i obecnośei pallotynów pod Tatrami dokonał się dzięki niezwykłemu darowi ówczesnego Prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego. Otrzymaną od biskupa Fatimy figurę Matki i Bożej Fatimskiej, Ksiądz Prymas w paździenniku 1961 r. ofiarował dla tutejszej kaplicy. W miesiąc później statuę poświęcił biskup krakowski Karol Wojtyła.

Wydarzenie to stało się nowym impulsem dla apostolskiej działalności pallotynów i z Krzeptówek. Pod kierownictwem przełożonego domu ks. Stanisława Czapli, w wielu diecezjach Polski pałlotyńscy misjonarze wygłosili rekolekcje różańcowe w duchu orędzia fatimskiego, a figura Pani Fatimskiej nawiedziła tysiące parafii w kraju, czego rezultatem były zobowiązania rodzin do codziennego odmawiania różańca za Kościół i Ojca Świętego. Z kolei na stoku wzniesienią, nazywanym obecnie "Parkiem Fatimskim" pallotyni wznieśli kaplice różańcowe i rozpoczęli nabożeństwa połączone z procesjami.

Kolejnym momentem przełomowym okazał się dla tutejszych pallotynów zamach na życie Ojca Świętego Jana Pawła II, który wielokrotnie jako metropolita krakowski nawiedzał Kaplicę Fatimską. Wiadomość o zamachu dotarła w czasie modlitwy różańcowej. Wtedy to - jak wspomina obecny kustosz sanktuarium ks. Mirosław Drozdek - gdy na Krzeptówkach trwała nieustanna modlitwa o ocalenie życia Papieża, zrodziła się również myśl, że w tym miejscu powstanie świątynia - wotum wdzięczności za uratowane życie Następcy Świętego Piotra.

Zanim jednak obok kaplicy stanął wspaniały kościół, w listopadzie 1987 r., w 70. rocznicę objawień w Fatimie, górale z Krzeptówek razem ze swym proboszczem ks. Drozdkiem pojechali do Rzymu biorąc ze sobą łaskami słynącą Figurę Matki Bożej Fatimskiej przed którą, od czasu zamachu, ciągle się modlili za Papieża. Tam też, podczas środowej audiencji na placu św. Piotra, Jan Paweł II dokonał koronacji statuy.

Ks. Drozdek podkreśla, że nowa świątynia, którą w 1992 r. poświęcił kard. Franciszek Macharski, powstała najpierw w sercach wiernych, zrodziła się przede wszystkim z modlitwy za Papieża i ze składanych ofiar. Więź tego miejsca z osobą Ojca Świętego najpełniej okazała się podczas pielgrzymki Papieża w 1997 r. do Polski, w czasie której konsekrował kościół na Krzeptówkach. "Wasze sanktuarium na Krzeptówkach jest mi bliskie i drogie. Czcicie w nim figurę Matki Boskiej Fatimskiej. Z historią tego sanktuarium łączy się także wydarzenie, które miało miejsce na placu św. Piotra 13 maja 1981 r. Doznałem wówczas śmiertelnego zagrożenia życia i cierpienia, a równocześnie wielkiego miłosierdzia Bożego. Za przyczyną Matki Bożej Fatimskiej życie zostało mi na nowo darowane" - powiedział Papież podczas uroczystości konsekracyjnej.

Od wielu lat sanktuarium pallotynów na Krzeptówkach jest znaczącym ośrodkiem religijnym w Polsce, a zwłaszcza kultu fatimskiego. Nabożeństwa fatimskie odbywają się tutaj nieprzerwanie od 1955 r. Codzienny różaniec, Apel Maryjny i nocne czuwania trwają już kilkanaście lat. 13 maja i 16 października odbywają się dziękczynne procesje maryjne, a od 1990 r. organizowane są Kongresy Fatimskie. Istniejąca Krucjata Różańca Rodzinnego liczy już kilkaset tysięcy członków na całym świecie, a pielgrzymów przybywających co roku do sanktuarium trzeba liczyć już w milionach.

Znawca tematyki fatimskiej o. Robert Fosc powiedział, że od samego początku istnienia zakopiańskiego sanktuarium, Ojciec Święty Jan Paweł II jest w nim stale obecny. O Papieżu mówią nie tylko modlitwy, coroczne uroczystości, ale także niemal każdy detal tego miejsca, m.in. witraże, pamiątkowe tablice, napisy, pomnik oraz znajdujący się w parku ołtarz, przy którym Jan Paweł II celebrował Mszę św. pod Wielką Krokwią. Miejsce to jest na pewno świadectwem modlitwy i wiary ludzi skalnego Podhala oraz pielgrzymów. To polska Fatima, której kustoszami są pallotyni.